Après la tourmente de 1789, le domaine reste à la garde de quelques domestiques mais la maison, inhabitée, coûte cher. En décembre 1792, les représentants du peuple, Delacroix et Musset, délogent le personnel à l’exception du jardinier, du garde bosquet et du vacher qui continuent d’entretenir le parc. En 1794, lorsque le jardinier Coupry meurt, les scellés sont levés, afin de préparer la vente de l’ensemble du mobilier. La maison devient une infirmerie militaire. C’est à cette époque que l’on détache du domaine deux parcelles, une en bordure de la rue Champ Lagarde, l’autre, comprenant la grotte et la rivière. Elles sont vendues respectivement en mai 1794 et en septembre 1797. Ces deux terrains ne réintégreront la propriété qu’en 1846. En 1795, la Convention nationale crée une manufacture d’horlogerie au domaine.

Confiée à deux directeurs, Constant Lemaire et Gleasner, la manufacture d’horlogerie est établie sur l’ancienne demeure de Madame Élisabeth, débarrassée de ses occupants. Les différents ateliers et les logements des maîtres horlogers sont répartis entre la maison principale et les dépendances, écuries, étables, maison du jardinier, orangerie… On clôt les jardins par un mur qui s’étend de la vacherie à l’avenue de Paris. Mais les deux directeurs peinent à s’entendre. Lemaire voudrait s’orienter vers les montres et horloges de luxe. Gleasner, est lui, davantage porté vers la technique pure. Les ateliers, inachevés, se révèlent de surcroît inadaptés et les artisans, démoralisés, quittent Versailles. La « maison Élisabeth », très délabrée, est en ruine. La manufacture ferme donc ses portes, sur décision de Bonaparte, Premier consul le 7 mars 1801. Quelle fut la production des ateliers de Montreuil ? Nul ne le sait vraiment…

Au début du XIXe siècle, devenu trop cher à restaurer, le domaine est proposé à la vente par adjudication en cinq lots. C’est d’abord Jean-Michel Maximilien Villers qui en devient le propriétaire. Architecte, ce dernier demande au préfet de « faire des démolitions et changements ». Trois ans plus tard, il vendra le domaine, en perdition, à deux acquéreurs. La maison et les communs (lot 1 et 2) sont cédés à Jean-Noël Duvey tandis que les lots 3 et 4, donnant rue Champ Lagarde reviennent au couple Pichonnat. En 1821, Duvey revend ses lots. S’ensuivront une succession de propriétaires : Louis Jouanne, puis sa fille Marthe-Louise Doumerc de 1821 à 1846 ; M. et Mme Sauvage, puis leur fille Caroline de Montesquiou-Fezensac de 1846-1879. C’est grâce à cette dernière que les 5 lots composant le domaine seront réunis en 1872. C’est donc un domaine presque entièrement réunifié qu’en 1879 les Montesquiou-Fezensac vendent à Salomon Stern, administrateur de banques. À sa mort en 1890, son fils, Edgard, reprend le domaine, sans s’y intéresser vraiment…

Le domaine ne retrouvera un intérêt pour ses acquéreurs qu’à partir de 1938 lorsque Mme veuve Chantrell, née Callot, et son fils, se passionnent pour le souvenir de Madame Elisabeth. Ils acquièrent des meubles lui ayant appartenu - notamment une bergère à la reine et quatre sièges de Jean-Baptiste Boulard, livrés en 1789 pour une des chambres, ainsi qu’une suite de six chaises et deux bergères à la reine de Sené, livrées pour le salon du rez-de-chaussée. Ce mobilier sera légué par Lydie Chantrell au musée du Louvre en 1958. La bibliothèque de Montreuil s’est aussi enrichie de livres aux armes de la malheureuse princesse. Ainsi, au fil des ans, le domaine retrouve-t-il un peu de sa splendeur d’antan… Lorsque Marc NAJAR tombe sous le charme du domaine et en fait l’acquisition en 1955, celui-ci tombait en ruines. Il entreprend alors de faire réaliser des travaux sous la vigilance de l’architecte des bâtiments de France puis entretient ensuite le domaine régulièrement jusqu’à son décès tragique en 1960. Son fils, Philippe NAJAR, se trouvant face à un domaine dont l’entretien était coûteux, a émis le souhait que plus de 80% du domaine et les bâtiments historiques soient cédé gratuitement à la ville de Versailles, en proposant en annexe un projet de construction de petits immeubles dans la continuité de ceux déjà existants. Cette proposition, bien qu’ayant reçu un avis favorable par la commission départementale, a été rejetée par la commission nationale des sites, indiquant cependant que d’autres projets pourraient être proposés. En 1983 lorsque le Département se porte acquéreur du domaine, celui-ci avait été restauré et entretenu par la famille NAJAR avec respect pendant les 28 années précédentes et était en parfait état.